คณะวิศวกรรมและอุตสาหกรรมเกษตร มหาวิทยาลัยแม่โจ้ ได้รับการจัดตั้งตามประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 114 ตอนที่ 19 ก เมื่อวันที่ 10 มิถุนายน 2540 เพื่อผลิตบัณฑิตในสาขาที่ขาดแคลน คือ สาขาวิศวกรรมศาสตร์และสาขาอุตสาหกรรมเกษตร เป็นการรวมภาควิชาเกษตรกลวิธานซึ่งเดิมสังกัดคณะผลิตกรรมการเกษตร และภาควิชาอุตสาหกรรมเกษตรซึ่งเดิมสังกัดในคณะธุรกิจการเกษตร เข้าด้วยกัน

การแบ่งส่วนงานคณะประกอบด้วย สำนักงานคณบดี และศูนย์บริการวิชาการ

หลักสูตรที่เป็นสอนในคณะ มีทั้งหมด 9 หลักสูตร แบ่งเป็นหลักสูตรปริญญาตรี 5 หลักสูตร หลักสูตรปริญญาโท 3 หลักสูตร และหลักสูตรปริญญาเอก 1 หลักสูตร ดังนี้

หลักสูตรปริญญาตรี

1) วิศวกรรมศาสตรบัณฑิต (วศ.บ.) สาขาวิชาวิศวกรรมเกษตร

2) วิศวกรรมศาสตรบัณฑิต (วศ.บ.) สาขาวิชาวิศวกรรมอาหาร

3) วิทยาศาสตรบัณฑิต (วท.บ.) สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร

4) วิทยาศาสตรบัณฑิต (วท.บ.)  สาขาวิชาเทคโนโลยีหลังการเก็บเกี่ยว

5) วิทยาศาสตรบัณฑิต (วท.บ.) สาขาวิชาเทคโนโลยียางและพอลิเมอร์

หลักสูตรปริญญาโท

1) วิศวกรรมศาสตรมหาบัฒฑิต(วศ.ม.) สาขาวิชาวิศวกรรมอาหาร

2) วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (วท.ม.) สาขาวิชาเทคโนโลยีการอาหาร

3) วิศวกรรมศาสตรมหาบัณฑิต (วศ.ม.) สาขาวิชาวิศวกรรมเกษตร

หลักสูตรปริญญาเอก

1) วิศวกรรมศาสตรดุษฎีบัณฑิต(วศ.ด.) สาขาวิศวกรรมอาหาร